1948年に近畿大学の前身である大阪理工科大学の白浜臨海研究所として開設されました。
1954年からハマチ養殖試験を開始するとともに、網生簀（小割）式養殖法の開発に着手しました。
この養殖法はやがて爆発的に普及し、現在ではわが国のみならず世界中に普及しています。
また、マダイをはじめ多くの有用魚類の養殖技術を開発、育てた親から採卵し、仔稚魚を育成するいわゆる完全養殖の研究を進めてきました。さらには、選抜や交雑、バイオテクノロジー等による育種の研究にも取り組んでいます。

1986年に開設した本施設は、外洋に面しており清浄な海水を利用できる立地条件を生かし、各種養殖用種苗の大量生産を行うとともに、大型の採卵用水槽を複数備えて飼育用卵の供給基地としての役割も担っています。

本州最南端串本町大島に位置し、温帯・亜熱帯性魚類養殖研究を目的として1970年に開設されました。開設当初からクロマグロの養殖研究が行われ、1974年に生簀での飼育に成功。1979年には世界で初めてクロマグロの生簀内産卵、人工ふ化、稚魚飼育に成功しました。32年間の研究の結果、2002年に世界初の完全養殖が達成されました。さらに、その2年後の2004年にはその完全養殖クロマグロを市場へ初出荷するといった成果を収めています。

1950年代後半から紀南においても真珠養殖から魚類養殖への転換が叫ばれ、1960年地元の強い要請によって開設しました。種苗生産、初期発育、栄養要求などに関する研究を精力的に行い、紀南地方の魚類養殖の発展に大きく貢献しています。ここでは配合飼料の研究も行われ、開発したクロマグロ用の配合飼料が実用化されています。

淡水魚類の養殖研究を目的とする実験場として、1964年三重県御浜町下市木に開設された後、1974年新宮市高田地区の要望もあって、熊野川の支流である高田川のほとりに移転しました。清らかな高田川の河川水を利用して温水、 冷水性魚類(アユ・アマゴ・チョウザメ）の養殖研究に取り組み、近大キャビアは自然豊かな清流で養殖されているチョウザメから作られています。

温帯、冷水性魚類養殖研究を目的として1991年に開設しました。開設当初から水深100mの深層水を利用した養殖研究が行われています。
また、地元堀岡養殖漁業協同組合と連携して、研究及び生産事業に取り組んでいます。

地元の要請を受け、1998年から和歌山県の大島実験場からクロマグロ幼魚を輸送して飼育実験を開始し、2001年に開設しました。
さらに、地元瀬戸内漁業協同組合と共同で奄美水産養殖科学センターを設立し、マダイ、クエ、カンパチ、シマアジ、ハマフエフキ等の中間育成を実施しており、陸上における種苗生産の研究にも取り組んでいます。
現在はクロマグロの種苗生産にも成功しており、温暖な気候で冬場の水温が20℃を下回ることがほとんどなく、このため各魚種の成長が本州よりも早くなります。

永年水産研究所が培ってきた養殖技術を産業化し、地元はもとより広く日本の水産と食糧の供給に貢献することを目指して、1970年白浜町坂田に和歌山南漁業協同組合白浜支所（旧白浜漁業協同組合）と協力して開設しました。
現在では関連する5拠点で優良種苗の生産及び成魚の育成事業を行い、水産業の発展に寄与しています。